Kako izračunati Sequence Pokrivenost

obogaćivanje studije zahtijevaju računanje redoslijeda podataka za određivanje razine pokrivenosti . To je učinjeno prije svega s sekvenciranja gena laboratorijima zahtijevaju integrirani pripremu DNK uzorka i prikupljanje prethodno obogaćivanje . Izračun sekvenciranje pokrivenost zahtijeva korištenje varijabli koje uključuju srednju sekvenciranje pokrivenost , ukupne ciljane baze i učinkovitost za obogaćivanje . Izvođenje ovaj izračun se vrši unosom svih tih varijabli u jednadžbu . Upute Screenshot pregled, 1

Napiši jednadžbu koristi za izračunavanje prosječne sekvenciranje pokrivenost . To će izgledati na željenu pokrivenost podijeljena s prosječnom normalizirana pokrivenost . Akoželjena pokrivenost je 10x isrednja normalizirana pokrivenost je 0,2 , a zatimsrednja sekvenciranje pokrivenost je 50.
2

Napiši jednadžbu se koristi za izračun iznosa sekvenciranje . To će izgledati ovako ( ukupno ciljanih baza ) ( znači sekvenciranje pokrivenost ) /( učinkovitost obogaćivanje ) = iznos sekvenciranje .
3

Plug u 62 MB za ” ukupne ciljane baza ” i 0,65 za ” učinkovitost obogaćivanje . ” Dodaj iznos sekvencioniranje pokrivenost 50x ijednadžba će izgledati (62) (50) /0.65 . Rezultat jednadžbe će biti 4,8 GB podataka redoslijeda .

Odgovori